Artiste : Odette Lapointe
L'Isle-aux-Grues et son archipel — composé d'une vingtaine d'îles au coeur du fleuve Saint-Laurent — sont reconnus comme un site d'une extraordinaire diversité faunique, en particulier du point de vue ornithologique. Grâce à la mosaïque de milieux naturels qu'on y trouve (battures, marais, forêts riveraines, zones agricoles et côtières), l'île attire chaque année des milliers de oiseaux migrateurs et nicheurs.
Les milieux naturels de l'Isle-aux-Grues offrent des ressources et des habitats variés qui expliquent cette richesse ornithologique :
On estime que plus de 200 espèces d'oiseaux ont été observées sur l'île et dans ses environs, aussi bien lors des migrations que pendant la saison de nidification.
Parmi ces espèces, plusieurs attirent l'attention des ornithologues et naturalistes pour leur statut de prévention, de vulnérabilité ou d'intérêt à l'échelle provinciale et nationale :
C'est la combinaison de ces milieux qui fait de l'île un point stratégique sur la route migratoire de l'estuaire du Saint-Laurent, une des voies utilisées par les oiseaux entre leurs aires d'hivernage et de nidification.
Si l'ornithologie constitue une part majeure de l'intérêt faunique de l'Isle-aux-Grues, d'autres groupes animaux font également partie de la diversité locale. Parmi ceux-ci se trouvent des poissons, amphibiens, des reptiles, des petits mammifères forestiers et des insectes spécialisés des milieux humides.
Le marais à scirpe constitue l’habitat riverain le plus caractéristique du littoral régional. À cet endroit, les eaux faiblement salines du fleuve, combinées à l’action quotidienne des marées, façonnent et transforment continuellement le paysage côtier. Les battures vaseuses, enrichies par la sédimentation, abritent aussi une faune benthique abondante : polychètes, mollusques et crustacés. Ces organismes constituent une ressource alimentaire déterminante pour les poissons et les oiseaux migrateurs.
Les zones peu profondes servent de milieux essentiels pour plusieurs espèces de poisson, dont l’éperlan arc-en-ciel (population du sud de l’estuaire) et le poulamon atlantique. De nombreuses espèces migratrices, tant anadromes que catadromes, fréquentent également ces eaux de l’estuaire du Saint-Laurent. Parmi elles figurent aussi l’alose savoureuse, l’esturgeon noir et l’anguille d’Amérique, des espèces reconnues et recherchées pour la qualité de leur chair.
Parmi les poissons fréquentant le secteur :
Généralement un peu plus en aval ou de manière saisonnière, le béluga et le phoque commun dépendent indirectement de cette productivité.
La mosaïque d'habitats littoraux et intérieurs favorise la coexistence de nombreuses espèces, mais les oiseaux restent généralement les groupes les plus spectaculaires et accessibles pour les visiteurs.

En 2025, un nouveau circuit ornithologique et éducatif appelé La Route des plumes a été officiellement lancé. Il s'agit d'un parcours structuré de 15 sites d'observation d'oiseaux répartis sur l'Isle-aux-Grues et ses environs, conçu pour les amateurs d'ornithologie et les visiteurs de la nature.
Ce projet a été développé par le Comité ZIP du Sud-de-l'Estuaire en collaboration avec la MRC de Montmagny et Tourisme Montmagny et les Îles.